保護區之經營管理所需資訊中棲地即時之現況資料應屬最重要之資訊之一，而棲地品質之優劣，棲息其中之野生動物最能感受到其品質之變化。因此，監測各類野生動物族群之變化最能反映出即時之棲地狀況。無尾港水鳥保護區雖早在民國八十二年即已設立為野生動物保護區，但有關其動物資源之調查卻幾乎侷限在鳥類資源之調查與監測，雖說本保護區之主要保護對象為鳥類資源，但濕地生態亦為主要保育目標，而除了鳥類以外之其他動物亦是了解濕地生態其棲地品質狀況變化之重要依據。因此，為了了解其他野生動物族群之變化情形，應加強其他類別之動物種類之調查監測，第一階段宜由兩棲、爬蟲與哺乳類動物先行調查，之後再擴大至其他脊椎與無脊椎動物之調查。經由每月（小型哺乳類為每季）之調查亦可知道各類動物族群之季節變化，除可作為保護區管理單位對該類動物於各季節形成不同之管理策略外，亦可作為將來比較各年度間其動物族群變化之依據。