農業用地興建農舍辦法（以下簡稱本辦法）第15條係針對已合法申請興建之農舍及其農業用地之定期檢查及管理機制，執行原則如下：
一、 分工原則
二、 直轄市、縣（市）政府或其他主管機關為加強興建農舍之農業用地稽查及取締，應邀集農業、建築管理、地政、都市計畫及相關單位等與農業專家組成稽查小組定期檢查。各直轄市、縣（市）政府並應指定稽查小組之召集人及幕僚單位，農業、建築管理、地政、都市計畫及相關單位應充分配合辦理。
三、 農舍及其農業用地造冊列管
(一) 為落實本辦法第15條第1項造冊列管之規定，作為後續執行農舍及其農業用地稽查管理之重要依據，請各直轄市、縣（市）政府主管建築機關及特設主管建築機關，依本辦法第12條第1項規定及本署104年8月7日營署建管字第1042912748號函示，於核發農舍建築執照時，確實通知農業單位，造冊格式請參照本部103年4月10日內授中辦地字第1036650717號令頒之農舍註記管制清冊辦理。
(十一) 農業單位接獲建管單位副知之造冊資料後，應據以建檔列管並於行政院農業委員會之農舍興建資格管理系統填報。
四、 農舍及其農業用地稽查及取締作業方式（流程圖詳附件1）
(一) 稽查對象、比例及頻率，依行政院農業委員會106年2月8日農授水保字第1061855751號函，稽查比例以該年度取得農舍使用執照件數30%為基準，稽查案件則不以該年度取得農舍使用執照者為限，稽查頻率則依各直轄市、縣（市）政府人力自訂。
(十二) 請各直轄市、縣（市）政府視所轄農舍管理需求與府內權責分工，指派主政窗口統籌稽查小組運作、抽查及追蹤改正等作業，並建議由府級副秘書長以上層級擔任稽查小組召集人。
(十三) 為在有限人力下更有效率地處理違規案件，稽查小組查有 違規情形者，宜依違規情節輕重程度排定處理順序，分類方式建議如下：
1. 優先處理：「農舍違法增建」與「農舍違規使用」。2. 儘速處理：於農業經營用地「設置未經申請或農業經營無關之設施」、「庭園造景」與「填土、堆置廢棄物」。
3. 勸導或輔導方式處理：「未積極農業使用」之情形。
(十四) 稽查小組查有違規情形，其違規使用行為如涉及違反目的事業法令或需釐清目的事業法令規定者，主政窗口應通知目的事業主管機關依各主管法令辦理。
(十五) 本辦法第15條第2項「通知其限期改正」，係由「原核定機關」通知相關主管機關依規定處理，並通知違規使用者限期改正，考量農業單位踐行限期改正之處分程序後，方得廢止興建資格，故建議由直轄市、縣(市)農業主管機關辦理。至於執行該「通知其限期改正」規定時，是否於按區域計畫法、都市計畫法、建築法或國家公園法等規定處以限期改善、恢復原狀之期限，給予一致之改正期限，則建議仍由直轄市、縣(市)政府府內相關單位協調辦理。
(十六) 有關未於期限內改正之違規情形處理方式：
1.查有未於期限內改正之違規情形，得依區域計畫法、都市計畫法、建築法或國家公園法加重處罰或透過相關非裁罰性不利處分，以匡正違規行為。
2.依本辦法第15條廢止興建資格，原則以持續未改正、已按次處罰且違規情節嚴重者為之，經農業單位廢止興建資格之違規案件，直轄市、縣(市)政府或國家公園主管機關仍得依區域計畫法、都市計畫法、建築法或國家公園法處罰、停止供水、供電、封閉、強制拆除或採其他恢復原狀之措施，其費用由土地或地上物所有人、使用人或管理人負擔，地方政府應妥善運用上開法令規定進行裁處作為。
3.個案倘經直轄市、縣(市)主管機關認有必要廢止使用執照者，建築法尚無相關規定，回歸行政程序法有關合法行政處分之廢止規定辦理，並應由直轄市、縣(市)主管機關審酌個案事實，依規定辦理。
五、 農舍及其農業用地現地稽查紀錄表。
六、 各直轄市、縣(市)政府得視需求納入稽查及取締作業應用，並視需要自行調整格式。
七、 農舍及其農業用地稽查處理情形追蹤統計表。
八、 為落實農舍及其農業用地稽查後之追蹤與資料統計，請直轄市、縣（市）政府主政窗口按月統計，並於每年度2月前彙整前一年度之月報表為年報表，同一地段號之案件並應將其稽查處理情形彙整為1項，函報行政院農業委員會及本部備查。