一、 依農業用地興建農舍辦法第9條第2項第5款規定：「農舍之放流水應符合放流水標準，並排入排水溝渠。放流水流經屬灌排系統或私有水體者，並應符合下列規定：
(一) 排入灌排系統者，應經該管理機關（構）同意及水利主管機關核准。
(二) 排入私有水體者，應經所有人同意。」，揆其立法目的係為避免農舍放流水影響農業生產環境，有違「安全農業」之政策目標，爰依水污染防治法第7條第1項規定，建築物污水處理設施，排放污水於地面水體者，應符合放流水標準。
二、 農舍放流水若排入農田水利會事業區域內灌溉、排水系統，依「農田水利會灌溉排水管理要點」規定，需由使用人填具申請書，並檢附放流量、水質分析、流入口位置及設計圖等相關資料，向農田水利會申請搭排，其搭排水質須符合放流水及灌溉用水標準。
三、 另有關放流水若排入自然水體或區域性排水系統是否應經該水體管理機關同意一節，應視該水體管理機關是否訂有管理規定。