一、 農業用地興建農舍辦法第4條規定略以，「本條例中華民國89年1月28日修正施行前取得之農業用地，有下列情形之一者，得準用前條規定申請興建農舍:一、依法被徵收之農業用地。但經核准全部或部分發給抵價地者，不適用之。依法為得徵收之土地，經土地所有權人自願以協議價購方式讓售與需地機關。...」。
二、 上開辦法第4條訂有農業發展條例89年1月28日修正施行前取得之農業用地配合政府興辦公共事業得準用本辦法第3條申請興建農舍之規定，惟其立法目的並非為解決所有農業用地被徵收之權益保障問題，相關土地徵收之權益保障，仍應回歸土地徵收條例相關規定。
三、 行政院農業委員會105年10月5日農水保字第1051808602號函闡明「基於農舍應與農業經營不可分離，而非以保障其居住權利為主，且本條例修正前後取得農業用地之差異，係法律賦予之，而其授權辦法明文規定對於徵收案件，得賦予修正前取得之農業用地相關補償措施，爰對於修法後取得之農業用地，不論是否已興建農舍者均無法適用之。」